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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Arminia Bielefeld | 29 | 16 | 7 | 6 | 24:13 | 11 | 55 |
| 2 |
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Karlsruher SC | 29 | 12 | 15 | 2 | 19:8 | 11 | 51 |
| 3 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 29 | 15 | 5 | 9 | 26:17 | 9 | 50 |
| 4 |
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Preußen Münster | 29 | 12 | 9 | 8 | 19:15 | 4 | 45 |
| 5 |
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SV Wehen Wiesbaden | 29 | 9 | 14 | 6 | 19:12 | 7 | 41 |
| 6 |
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SV Darmstadt 98 | 29 | 9 | 13 | 7 | 11:11 | 0 | 40 |
| 7 |
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VfL Osnabrück | 29 | 8 | 14 | 7 | 16:16 | 0 | 38 |
| 8 |
|
Chemnitzer FC | 29 | 7 | 16 | 6 | 18:15 | 3 | 37 |
| 9 |
|
Hansa Rostock | 29 | 8 | 12 | 9 | 18:18 | 0 | 36 |
| 10 |
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Borussia Dortmund II | 29 | 8 | 11 | 10 | 16:18 | -2 | 35 |
| 11 |
|
1. FC Saarbrücken | 29 | 9 | 8 | 12 | 19:24 | -5 | 35 |
| 12 |
|
SV Babelsberg 03 | 29 | 9 | 8 | 12 | 15:21 | -6 | 35 |
| 13 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 29 | 7 | 13 | 9 | 18:19 | -1 | 34 |
| 14 |
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VfB Stuttgart II | 29 | 6 | 16 | 7 | 12:14 | -2 | 34 |
| 15 |
|
Wacker Burghausen | 29 | 8 | 10 | 11 | 15:19 | -4 | 34 |
| 16 |
|
SpVgg Unterhaching | 29 | 7 | 13 | 9 | 13:18 | -5 | 34 |
| 17 |
|
Kickers Offenbach | 29 | 7 | 11 | 11 | 15:18 | -3 | 32 |
| 18 |
|
Stuttgarter Kickers | 29 | 6 | 11 | 12 | 14:17 | -3 | 29 |
| 19 |
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Hallescher FC | 29 | 4 | 17 | 8 | 10:15 | -5 | 29 |
| 20 |
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Alemannia Aachen | 29 | 4 | 15 | 10 | 7:16 | -9 | 27 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
