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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Preußen Münster | 34 | 18 | 14 | 2 | 36:12 | 24 | 68 |
| 2 |
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VfL Osnabrück | 34 | 19 | 9 | 6 | 38:14 | 24 | 66 |
| 3 |
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Arminia Bielefeld | 34 | 17 | 11 | 6 | 30:15 | 15 | 62 |
| 4 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 34 | 16 | 11 | 7 | 34:24 | 10 | 59 |
| 5 |
|
Karlsruher SC | 34 | 12 | 18 | 4 | 36:13 | 23 | 54 |
| 6 |
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SpVgg Unterhaching | 34 | 13 | 11 | 10 | 29:24 | 5 | 50 |
| 7 |
|
Chemnitzer FC | 34 | 11 | 15 | 8 | 29:24 | 5 | 48 |
| 8 |
|
Wacker Burghausen | 34 | 12 | 12 | 10 | 20:22 | -2 | 48 |
| 9 |
|
1. FC Saarbrücken | 34 | 12 | 11 | 11 | 28:29 | -1 | 47 |
| 10 |
|
VfB Stuttgart II | 34 | 11 | 10 | 13 | 21:19 | 2 | 43 |
| 11 |
|
Kickers Offenbach | 34 | 9 | 15 | 10 | 21:22 | -1 | 42 |
| 12 |
|
Hallescher FC | 34 | 9 | 11 | 14 | 20:28 | -8 | 38 |
| 13 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 34 | 10 | 8 | 16 | 20:32 | -12 | 38 |
| 14 |
|
Alemannia Aachen | 34 | 8 | 12 | 14 | 25:38 | -13 | 36 |
| 15 |
|
Stuttgarter Kickers | 34 | 8 | 11 | 15 | 18:24 | -6 | 35 |
| 16 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 34 | 7 | 14 | 13 | 19:29 | -10 | 35 |
| 17 |
|
Hansa Rostock | 34 | 7 | 14 | 13 | 15:28 | -13 | 35 |
| 18 |
|
SV Babelsberg 03 | 34 | 5 | 19 | 10 | 11:19 | -8 | 34 |
| 19 |
|
Borussia Dortmund II | 34 | 6 | 12 | 16 | 16:33 | -17 | 30 |
| 20 |
|
SV Darmstadt 98 | 34 | 5 | 12 | 17 | 14:31 | -17 | 27 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
