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| 18.05.2013 | 13:30 | Preußen Münster | - | SV Babelsberg 03 | 4:1 (2:1) | |
| 13:30 | Chemnitzer FC | - | SpVgg Unterhaching | 5:0 (2:0) | ||
| 13:30 | SV Darmstadt 98 | - | Stuttgarter Kickers | 1:1 (0:1) | ||
| 13:30 | Hansa Rostock | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:0 (0:0) | ||
| 13:30 | SV Wehen Wiesbaden | - | Karlsruher SC | 2:4 (0:3) | ||
| 13:30 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Kickers Offenbach | 0:0 (0:0) | ||
| 13:30 | Hallescher FC | - | 1. FC Saarbrücken | 2:1 (0:0) | ||
| 13:30 | VfB Stuttgart II | - | Borussia Dortmund II | 0:1 (0:0) | ||
| 13:30 | VfL Osnabrück | - | Alemannia Aachen | 4:0 (3:0) | ||
| 13:30 | Wacker Burghausen | - | Arminia Bielefeld | 1:0 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Karlsruher SC | 38 | 23 | 10 | 5 | 69:27 | 42 | 79 |
| 2 |
|
Arminia Bielefeld | 38 | 22 | 10 | 6 | 59:32 | 27 | 76 |
| 3 |
|
VfL Osnabrück | 38 | 22 | 7 | 9 | 64:35 | 29 | 73 |
| 4 |
|
Preußen Münster | 38 | 20 | 12 | 6 | 63:33 | 30 | 72 |
| 5 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 38 | 21 | 9 | 8 | 69:47 | 22 | 72 |
| 6 |
|
Chemnitzer FC | 38 | 15 | 10 | 13 | 56:47 | 9 | 55 |
| 7 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 38 | 11 | 18 | 9 | 51:51 | 0 | 51 |
| 8 |
|
Wacker Burghausen | 38 | 14 | 9 | 15 | 45:45 | 0 | 51 |
| 9 |
|
SpVgg Unterhaching | 38 | 14 | 9 | 15 | 48:55 | -7 | 51 |
| 10 |
|
Hallescher FC | 38 | 12 | 10 | 16 | 37:50 | -13 | 46 |
| 11 |
|
1. FC Saarbrücken | 38 | 12 | 9 | 17 | 52:62 | -10 | 45 |
| 12 |
|
Hansa Rostock | 38 | 11 | 11 | 16 | 39:52 | -13 | 44 |
| 13 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 38 | 11 | 11 | 16 | 44:58 | -14 | 44 |
| 14 |
|
VfB Stuttgart II | 38 | 11 | 10 | 17 | 35:42 | -7 | 43 |
| 15 |
|
Kickers Offenbach | 38 | 11 | 11 | 16 | 41:44 | -3 | 42 |
| 16 |
|
Borussia Dortmund II | 38 | 9 | 14 | 15 | 39:58 | -19 | 41 |
| 17 |
|
Stuttgarter Kickers | 38 | 10 | 10 | 18 | 39:48 | -9 | 40 |
| 18 |
|
SV Darmstadt 98 | 38 | 8 | 14 | 16 | 32:46 | -14 | 38 |
| 19 |
|
SV Babelsberg 03 | 38 | 9 | 10 | 19 | 32:54 | -22 | 37 |
| 20 |
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Alemannia Aachen | 38 | 7 | 10 | 21 | 40:68 | -28 | 26 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
