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| 25.04.2009 | 13:00 | Tulevik Viljandi | - | FC Flora | 1:1 (1:1) | |
| 13:00 | JK Nõmme Kalju | - | Paide Linnameeskond | 3:0 (2:0) | ||
| 13:00 | FC Levadia | - | JK Narva Trans | 2:0 (1:0) | ||
| 18:30 | JK Sillamäe Kalev | - | JK Tallinna Kalev | 2:0 (0:0) | ||
| 18:30 | JK Tammeka | - | FC Kuressaare | 2:0 (1:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 8 | 8 | 0 | 0 | 32:4 | 28 | 24 |
| 2 |
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JK Sillamäe Kalev | 8 | 6 | 0 | 2 | 26:8 | 18 | 18 |
| 3 |
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JK Narva Trans | 8 | 5 | 1 | 2 | 21:8 | 13 | 16 |
| 4 |
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FC Flora | 8 | 4 | 1 | 3 | 12:9 | 3 | 13 |
| 5 |
|
Tulevik Viljandi | 8 | 3 | 3 | 2 | 11:13 | -2 | 12 |
| 6 |
|
JK Nõmme Kalju | 8 | 3 | 1 | 4 | 10:12 | -2 | 10 |
| 7 |
|
FC Kuressaare | 8 | 2 | 2 | 4 | 3:14 | -11 | 8 |
| 8 |
|
Paide Linnameeskond | 8 | 2 | 1 | 5 | 4:18 | -14 | 7 |
| 9 |
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JK Tallinna Kalev | 8 | 1 | 1 | 6 | 8:15 | -7 | 4 |
| 10 |
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JK Tammeka | 8 | 1 | 0 | 7 | 5:31 | -26 | 3 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Das Spiel FC Kuressaare - JK Nõmme Kalju (19. Spieltag) wurde vom Verband annuliert und für beide Teams mit 0 Punkten und 0 Toren gewertet, da beide nicht freigegebene Spieler eingesetzt haben. |
