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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Memmingen | 31 | 17 | 9 | 5 | 32:16 | 16 | 60 |
| 2 |
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SpVgg Unterhaching | 31 | 16 | 11 | 4 | 38:9 | 29 | 59 |
| 3 |
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FC Augsburg II | 31 | 17 | 8 | 6 | 35:14 | 21 | 59 |
| 4 |
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Bayern München II | 31 | 11 | 14 | 6 | 21:13 | 8 | 47 |
| 5 |
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FV Illertissen | 31 | 11 | 10 | 10 | 23:24 | -1 | 43 |
| 6 |
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Wacker Burghausen | 31 | 10 | 13 | 8 | 19:22 | -3 | 43 |
| 7 |
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TSV 1860 München II | 31 | 10 | 11 | 10 | 17:16 | 1 | 41 |
| 8 |
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SV Schalding-Heining | 31 | 10 | 11 | 10 | 21:22 | -1 | 41 |
| 9 |
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FC Ingolstadt 04 II | 31 | 9 | 13 | 9 | 21:17 | 4 | 40 |
| 10 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 31 | 10 | 10 | 11 | 22:24 | -2 | 40 |
| 11 |
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TSV 1860 Rosenheim | 31 | 8 | 16 | 7 | 14:16 | -2 | 40 |
| 12 |
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1. FC Nürnberg II | 31 | 9 | 11 | 11 | 28:28 | 0 | 38 |
| 13 |
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SpVgg Bayreuth | 31 | 9 | 11 | 11 | 20:25 | -5 | 38 |
| 14 |
|
SV Seligenporten | 31 | 7 | 14 | 10 | 17:27 | -10 | 35 |
| 15 |
|
SpVgg Greuther Fürth II | 31 | 6 | 14 | 11 | 21:25 | -4 | 32 |
| 16 |
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VfR Garching | 31 | 7 | 9 | 15 | 19:34 | -15 | 30 |
| 17 |
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TSV Buchbach | 31 | 6 | 10 | 15 | 16:32 | -16 | 28 |
| 18 |
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SpVgg Bayern Hof | 31 | 4 | 9 | 18 | 19:39 | -20 | 21 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Der TSV 1860 München II steigt gemäß den Statuten des Verbands automatisch in die Bayernliga ab, da die Profimannschaft des Vereins aus der 2. Bundesliga absteigt. Der SV Seligenporten vermeidet damit den direkten Abstieg und spielt in der Relegation, Schalding-Heining ist gerettet. |
