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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 16 | 11 | 2 | 3 | 20:4 | 16 | 35 |
| 2 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 16 | 8 | 5 | 3 | 16:8 | 8 | 29 |
| 3 |
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Wacker Burghausen | 16 | 7 | 5 | 4 | 13:8 | 5 | 26 |
| 4 |
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VfB Eichstätt | 16 | 6 | 7 | 3 | 9:4 | 5 | 25 |
| 5 |
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1. FC Nürnberg II | 16 | 6 | 7 | 3 | 9:5 | 4 | 25 |
| 6 |
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SpVgg Bayreuth | 16 | 6 | 5 | 5 | 9:8 | 1 | 23 |
| 7 |
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FC Memmingen | 16 | 6 | 5 | 5 | 13:15 | -2 | 23 |
| 8 |
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SV Schalding-Heining | 16 | 4 | 9 | 3 | 8:7 | 1 | 21 |
| 9 |
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VfR Garching | 16 | 4 | 9 | 3 | 10:12 | -2 | 21 |
| 10 |
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FC Ingolstadt 04 II | 16 | 5 | 6 | 5 | 8:10 | -2 | 21 |
| 11 |
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FC Augsburg II | 16 | 5 | 5 | 6 | 12:13 | -1 | 20 |
| 12 |
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Viktoria Aschaffenburg | 16 | 4 | 5 | 7 | 10:12 | -2 | 17 |
| 13 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 16 | 3 | 8 | 5 | 8:10 | -2 | 17 |
| 14 |
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TSV 1860 Rosenheim | 16 | 3 | 7 | 6 | 6:8 | -2 | 16 |
| 15 |
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SV Heimstetten | 16 | 3 | 7 | 6 | 9:14 | -5 | 16 |
| 16 |
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FC Pipinsried | 16 | 4 | 3 | 9 | 9:17 | -8 | 15 |
| 17 |
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FV Illertissen | 16 | 3 | 6 | 7 | 11:20 | -9 | 15 |
| 18 |
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TSV Buchbach | 16 | 2 | 7 | 7 | 7:12 | -5 | 13 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
