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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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VfB Eichstätt | 10 | 7 | 2 | 1 | 23:11 | 12 | 23 |
| 2 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 9 | 6 | 2 | 1 | 23:8 | 15 | 20 |
| 3 |
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Bayern München II | 9 | 6 | 2 | 1 | 18:9 | 9 | 20 |
| 4 |
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FC Ingolstadt 04 II | 11 | 6 | 2 | 3 | 16:11 | 5 | 20 |
| 5 |
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1. FC Nürnberg II | 10 | 5 | 3 | 2 | 17:8 | 9 | 18 |
| 6 |
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Wacker Burghausen | 9 | 5 | 2 | 2 | 14:10 | 4 | 17 |
| 7 |
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FC Memmingen | 9 | 4 | 3 | 2 | 16:12 | 4 | 15 |
| 8 |
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FV Illertissen | 10 | 4 | 2 | 4 | 17:18 | -1 | 14 |
| 9 |
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Viktoria Aschaffenburg | 9 | 4 | 1 | 4 | 14:15 | -1 | 13 |
| 10 |
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TSV Buchbach | 9 | 3 | 2 | 4 | 17:16 | 1 | 11 |
| 11 |
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SpVgg Bayreuth | 10 | 3 | 2 | 5 | 8:11 | -3 | 11 |
| 12 |
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VfR Garching | 10 | 2 | 4 | 4 | 11:13 | -2 | 10 |
| 13 |
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TSV 1860 Rosenheim | 9 | 2 | 4 | 3 | 12:16 | -4 | 10 |
| 14 |
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FC Pipinsried | 10 | 1 | 5 | 4 | 18:21 | -3 | 8 |
| 15 |
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SV Schalding-Heining | 10 | 2 | 2 | 6 | 8:17 | -9 | 8 |
| 16 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 9 | 2 | 1 | 6 | 9:9 | 0 | 7 |
| 17 |
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FC Augsburg II | 9 | 1 | 3 | 5 | 8:13 | -5 | 6 |
| 18 |
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SV Heimstetten | 9 | 1 | 2 | 6 | 11:22 | -11 | 5 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
