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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Eintracht Frankfurt II | 11 | 6 | 3 | 2 | 18:10 | 8 | 21 |
| 2 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 11 | 6 | 2 | 3 | 16:13 | 3 | 20 |
| 3 |
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SV Wehen Wiesbaden II | 10 | 6 | 1 | 3 | 16:8 | 8 | 19 |
| 4 |
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Waldhof Mannheim | 11 | 6 | 0 | 5 | 20:11 | 9 | 18 |
| 5 |
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SV Darmstadt 98 | 11 | 5 | 2 | 4 | 15:11 | 4 | 17 |
| 6 |
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1. FC Nürnberg II | 9 | 4 | 3 | 2 | 14:9 | 5 | 15 |
| 7 |
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Hessen Kassel | 10 | 4 | 3 | 3 | 15:12 | 3 | 15 |
| 8 |
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TSV 1860 München II | 9 | 4 | 2 | 3 | 15:12 | 3 | 14 |
| 9 |
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Viktoria Aschaffenburg | 10 | 3 | 3 | 4 | 11:12 | -1 | 12 |
| 10 |
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SSV Ulm 1846 | 9 | 2 | 5 | 2 | 11:12 | -1 | 11 |
| 11 |
|
SC Pfullendorf | 9 | 3 | 2 | 4 | 10:15 | -5 | 11 |
| 12 |
|
SpVgg Unterhaching II | 10 | 3 | 2 | 5 | 16:22 | -6 | 11 |
| 13 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 10 | 2 | 4 | 4 | 9:12 | -3 | 10 |
| 14 |
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Karlsruher SC II | 9 | 3 | 1 | 5 | 11:15 | -4 | 10 |
| 15 |
|
SSV Reutlingen | 11 | 2 | 4 | 5 | 11:23 | -12 | 10 |
| 16 |
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1. FC Eintracht Bamberg | 9 | 2 | 3 | 4 | 19:24 | -5 | 9 |
| 17 |
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SC Freiburg II | 10 | 2 | 2 | 6 | 9:20 | -11 | 8 |
| 18 |
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TSV Großbardorf | 11 | 0 | 3 | 8 | 8:25 | -17 | 3 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Das Spiel Unterhaching II - 1860 II (25. Spieltag) wurde wegen des Einsatzes eines nicht spielberechtigten Spielers mit 0:2 gewertet. # Viktoria Aschaffenburg hat aus finanziellen Gründen keine Lizenz für die Saison 2009/2010 beantragt und steht damit als Absteiger fest. |
