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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 14 | 8 | 3 | 3 | 20:15 | 5 | 27 |
| 2 |
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1. FC Nürnberg II | 13 | 7 | 4 | 2 | 22:12 | 10 | 25 |
| 3 |
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Hessen Kassel | 14 | 7 | 4 | 3 | 26:17 | 9 | 25 |
| 4 |
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Eintracht Frankfurt II | 14 | 7 | 3 | 4 | 25:18 | 7 | 24 |
| 5 |
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Waldhof Mannheim | 14 | 7 | 1 | 6 | 24:14 | 10 | 22 |
| 6 |
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SV Wehen Wiesbaden II | 13 | 7 | 1 | 5 | 18:13 | 5 | 22 |
| 7 |
|
TSV 1860 München II | 13 | 6 | 2 | 5 | 23:17 | 6 | 20 |
| 8 |
|
SSV Ulm 1846 | 13 | 3 | 8 | 2 | 17:14 | 3 | 17 |
| 9 |
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SV Darmstadt 98 | 14 | 5 | 2 | 7 | 17:19 | -2 | 17 |
| 10 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 14 | 3 | 6 | 5 | 13:15 | -2 | 15 |
| 11 |
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1. FC Eintracht Bamberg | 13 | 4 | 3 | 6 | 27:32 | -5 | 15 |
| 12 |
|
SC Pfullendorf | 13 | 4 | 3 | 6 | 16:23 | -7 | 15 |
| 13 |
|
SC Freiburg II | 14 | 4 | 3 | 7 | 16:27 | -11 | 15 |
| 14 |
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Viktoria Aschaffenburg | 13 | 3 | 5 | 5 | 14:16 | -2 | 14 |
| 15 |
|
SSV Reutlingen | 14 | 3 | 4 | 7 | 14:29 | -15 | 13 |
| 16 |
|
SpVgg Unterhaching II | 13 | 3 | 2 | 8 | 17:31 | -14 | 11 |
| 17 |
|
Karlsruher SC II | 13 | 3 | 1 | 9 | 14:28 | -14 | 10 |
| 18 |
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TSV Großbardorf | 14 | 0 | 3 | 11 | 8:34 | -26 | 3 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Das Spiel Unterhaching II - 1860 II (25. Spieltag) wurde wegen des Einsatzes eines nicht spielberechtigten Spielers mit 0:2 gewertet. # Viktoria Aschaffenburg hat aus finanziellen Gründen keine Lizenz für die Saison 2009/2010 beantragt und steht damit als Absteiger fest. |
