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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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VfR Aalen | 16 | 9 | 4 | 3 | 18:10 | 8 | 31 |
| 2 |
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SC Freiburg II | 17 | 8 | 5 | 4 | 31:16 | 15 | 29 |
| 3 |
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1. FC Nürnberg II | 16 | 7 | 4 | 5 | 23:20 | 3 | 25 |
| 4 |
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Hessen Kassel | 16 | 4 | 8 | 4 | 25:27 | -2 | 20 |
| 5 |
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Eintracht Frankfurt II | 16 | 5 | 4 | 7 | 24:22 | 2 | 19 |
| 6 |
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SSV Ulm 1846 | 17 | 4 | 7 | 6 | 23:28 | -5 | 19 |
| 7 |
|
Stuttgarter Kickers | 17 | 4 | 6 | 7 | 19:24 | -5 | 18 |
| 8 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 17 | 5 | 2 | 10 | 19:32 | -13 | 17 |
| 9 |
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SpVgg Weiden | 17 | 5 | 1 | 11 | 28:38 | -10 | 16 |
| 10 |
|
Karlsruher SC II | 16 | 4 | 4 | 8 | 18:29 | -11 | 16 |
| 11 |
|
SG Sonnenhof Großaspach | 17 | 4 | 3 | 10 | 18:23 | -5 | 15 |
| 12 |
|
SSV Reutlingen | 16 | 4 | 2 | 10 | 15:30 | -15 | 14 |
| 13 |
|
TSV 1860 München II | 17 | 3 | 4 | 10 | 14:22 | -8 | 13 |
| 14 |
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1. FC Eintracht Bamberg | 16 | 2 | 6 | 8 | 21:36 | -15 | 12 |
| 15 |
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SV Wehen Wiesbaden II | 17 | 3 | 3 | 11 | 17:33 | -16 | 12 |
| 16 |
|
SV Darmstadt 98 | 17 | 0 | 9 | 8 | 13:26 | -13 | 9 |
| 17 |
|
SC Pfullendorf | 16 | 1 | 6 | 9 | 12:25 | -13 | 9 |
| 18 |
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Bayern Alzenau | 16 | 2 | 2 | 12 | 9:32 | -23 | 8 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Der SSV Reutlingen und Eintracht Bamberg meldeten während der Saison 2009/2010 Insolvenz an und stehen somit bereits als Absteiger fest. |
