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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Borussia Dortmund II | 28 | 16 | 9 | 3 | 30:10 | 20 | 57 |
| 2 |
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Sportfreunde Lotte | 28 | 14 | 7 | 7 | 25:20 | 5 | 49 |
| 3 |
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1. FC Köln II | 28 | 11 | 14 | 3 | 20:12 | 8 | 47 |
| 4 |
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1. FSV Mainz 05 II | 28 | 12 | 10 | 6 | 23:16 | 7 | 46 |
| 5 |
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SV 07 Elversberg | 28 | 11 | 9 | 8 | 16:13 | 3 | 42 |
| 6 |
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1. FC Kaiserslautern II | 28 | 9 | 14 | 5 | 19:14 | 5 | 41 |
| 7 |
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Rot-Weiss Essen | 28 | 10 | 10 | 8 | 24:15 | 9 | 40 |
| 8 |
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Preußen Münster | 28 | 7 | 14 | 7 | 15:16 | -1 | 35 |
| 9 |
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Bor. Mönchengladbach II | 28 | 6 | 15 | 7 | 15:16 | -1 | 33 |
| 10 |
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Bayer Leverkusen II | 28 | 8 | 9 | 11 | 21:23 | -2 | 33 |
| 11 |
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SC Verl | 28 | 8 | 9 | 11 | 14:16 | -2 | 33 |
| 12 |
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FC Schalke 04 II | 28 | 7 | 11 | 10 | 9:16 | -7 | 32 |
| 13 |
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Wormatia Worms | 28 | 6 | 13 | 9 | 11:18 | -7 | 31 |
| 14 |
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Eintracht Trier | 28 | 5 | 15 | 8 | 11:17 | -6 | 30 |
| 15 |
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VfL Bochum II | 28 | 7 | 8 | 13 | 18:25 | -7 | 29 |
| 16 |
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BV Cloppenburg | 28 | 9 | 2 | 17 | 22:31 | -9 | 29 |
| 17 |
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FSV Oggersheim | 28 | 6 | 10 | 12 | 16:19 | -3 | 28 |
| 18 |
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1. FC Kleve | 28 | 6 | 9 | 13 | 15:27 | -12 | 27 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Der FSV Oggersheim hat für die Spielzeit 2009/2010 keine Lizenz beantragt und steht somit als erster Absteier fest. |
