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| 01.10.2016 | 17:00 | Spartak Myjava | - | FK Senica | annull. | |
| 17:00 | MFK Ružomberok | - | FC DAC 1904 | 2:2 (1:1) | ||
| 17:00 | Slovan Bratislava | - | MFK Zemplín Michalovce | 3:1 (2:0) | ||
| 17:00 | Spartak Trnava | - | Zlaté Moravce | 1:0 (0:0) | ||
| 17:00 | MŠK Žilina | - | FO ŽP Šport Podbrezová | 1:0 (0:0) | ||
| 02.10.2016 | 17:30 | AS Trenčín | - | 1. FC Tatran Prešov | 1:1 (0:1) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
MŠK Žilina | 10 | 8 | 1 | 1 | 24:8 | 16 | 25 |
| 2 |
|
FO ŽP Šport Podbrezová | 10 | 6 | 3 | 1 | 12:4 | 8 | 21 |
| 3 |
|
Slovan Bratislava | 10 | 5 | 2 | 3 | 15:13 | 2 | 17 |
| 4 |
|
Spartak Trnava | 10 | 4 | 4 | 2 | 14:11 | 3 | 16 |
| 5 |
|
MFK Ružomberok | 10 | 4 | 3 | 3 | 22:16 | 6 | 15 |
| 6 |
|
AS Trenčín | 10 | 4 | 2 | 4 | 16:18 | -2 | 14 |
| 7 |
|
FK Senica | 10 | 3 | 2 | 5 | 10:11 | -1 | 11 |
| 8 |
|
MFK Zemplín Michalovce | 10 | 3 | 2 | 5 | 7:15 | -8 | 11 |
| 9 |
|
FC DAC 1904 | 10 | 1 | 5 | 4 | 13:14 | -1 | 8 |
| 10 |
|
Zlaté Moravce | 10 | 1 | 3 | 6 | 8:16 | -8 | 6 |
| 11 |
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1. FC Tatran Prešov | 10 | 1 | 3 | 6 | 3:18 | -15 | 6 |
| 12 |
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Spartak Myjava | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Abstieg |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. Die absolvierten Spiele wurden annulliert. |
