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| 10.12.2016 | 14:00 | FO ŽP Šport Podbrezová | - | 1. FC Tatran Prešov | 1:1 (1:0) | |
| 17:00 | FC DAC 1904 | - | Zlaté Moravce | 1:0 (1:0) | ||
| 17:00 | Spartak Myjava | - | Slovan Bratislava | annull. | ||
| 17:00 | MFK Ružomberok | - | FK Senica | 2:1 (1:0) | ||
| 11.12.2016 | 15:20 | MŠK Žilina | - | MFK Zemplín Michalovce | 7:1 (4:0) | |
| 17:30 | Spartak Trnava | - | AS Trenčín | 1:1 (0:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
MŠK Žilina | 17 | 14 | 2 | 1 | 52:11 | 41 | 44 |
| 2 |
|
FO ŽP Šport Podbrezová | 17 | 10 | 4 | 3 | 22:11 | 11 | 34 |
| 3 |
|
Slovan Bratislava | 17 | 10 | 2 | 5 | 28:18 | 10 | 32 |
| 4 |
|
Spartak Trnava | 17 | 7 | 5 | 5 | 20:23 | -3 | 26 |
| 5 |
|
MFK Ružomberok | 17 | 7 | 4 | 6 | 33:27 | 6 | 25 |
| 6 |
|
AS Trenčín | 18 | 6 | 4 | 8 | 25:32 | -7 | 22 |
| 7 |
|
MFK Zemplín Michalovce | 18 | 5 | 4 | 9 | 20:33 | -13 | 19 |
| 8 |
|
FC DAC 1904 | 17 | 4 | 6 | 7 | 19:24 | -5 | 18 |
| 9 |
|
Zlaté Moravce | 17 | 4 | 3 | 10 | 18:30 | -12 | 15 |
| 10 |
|
FK Senica | 18 | 3 | 5 | 10 | 14:23 | -9 | 14 |
| 11 |
|
1. FC Tatran Prešov | 17 | 2 | 7 | 8 | 10:29 | -19 | 13 |
| 12 |
|
Spartak Myjava | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Abstieg |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. Die absolvierten Spiele wurden annulliert. |
