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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FK Senica | 2 | 1 | 0 | 1 | 4:3 | 1 | 3 |
| 2 |
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MŠK Žilina | 1 | 1 | 0 | 0 | 2:1 | 1 | 3 |
| 3 |
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FO ŽP Šport Podbrezová | 1 | 1 | 0 | 0 | 1:0 | 1 | 3 |
| 4 |
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Slovan Bratislava | 2 | 1 | 0 | 1 | 1:2 | -1 | 3 |
| 5 |
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Spartak Trnava | 2 | 0 | 2 | 0 | 2:2 | 0 | 2 |
| 6 |
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Zlaté Moravce | 2 | 0 | 1 | 1 | 2:3 | -1 | 1 |
| 7 |
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FC DAC 1904 | 3 | 0 | 1 | 2 | 5:7 | -2 | 1 |
| 8 |
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MFK Zemplín Michalovce | 2 | 0 | 1 | 1 | 0:2 | -2 | 1 |
| 9 |
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Spartak Myjava | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| 10 |
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MFK Ružomberok | 1 | 0 | 0 | 1 | 2:3 | -1 | 0 |
| 11 |
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AS Trenčín | 2 | 0 | 0 | 2 | 1:5 | -4 | 0 |
| 12 |
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1. FC Tatran Prešov | 2 | 0 | 0 | 2 | 0:5 | -5 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Abstieg |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. Die absolvierten Spiele wurden annulliert. |
