| Meisterschaft | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | : | 0 | |
| Auswärts | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | : | 2 | |
| ∑ | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 | : | 2 | |
| DFB-Pokal | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 2 | 2 | 0 | 0 | 3 | : | 1 | |
| ∑ | 2 | 2 | 0 | 0 | 3 | : | 1 | |
| GESAMT | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 3 | 2 | 1 | 0 | 3 | : | 1 | |
| Auswärts | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | : | 2 | |
| Neutraler Ort | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | : | 0 | |
| ∑ | 4 | 2 | 1 | 1 | 3 | : | 3 | |
| Meisterschaft | |||||
| 1996 | Viertelfinale | Waldhof Mannheim | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 |
| 1996 | Viertelfinale | FC Carl Zeiss Jena | - | Waldhof Mannheim | 0:0 |
| DFB-Pokal | |||||
| 2015/2016 | Achtelfinale | FC Carl Zeiss Jena | - | Waldhof Mannheim | 1:0 |
| 2002/2003 | 1. Runde | FC Carl Zeiss Jena | - | Waldhof Mannheim | 2:1 |
|
Für Spiele, die im Elfmeterschießen entschieden wurden, geht der Spielstand nach 120 Minuten in diese Wertung ein. |
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Deutschland 
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![FC Carl Zeiss Jena [B-Junioren]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/14892.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena [B-Junioren]"){kind=small}
![FC Carl Zeiss Jena II [B-Junioren]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/37759.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena II [B-Junioren]"){kind=small}
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![FC Carl Zeiss Jena [C-Junioren]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/20651.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena [C-Junioren]"){kind=small}