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| 30.07.2016 | 19:00 | FK Senica | - | MFK Zemplín Michalovce | 2:0 (2:0) | |
| 19:00 | Zlaté Moravce | - | AS Trenčín | 3:0 (1:0) | ||
| 19:00 | MŠK Žilina | - | 1. FC Tatran Prešov | 4:0 (2:0) | ||
| 31.07.2016 | 17:00 | FO ŽP Šport Podbrezová | - | Slovan Bratislava | 2:0 (0:0) | |
| 19:00 | MFK Ružomberok | - | Spartak Trnava | 1:1 (1:1) | ||
| 02.08.2016 | 19:00 | FC DAC 1904 | - | Spartak Myjava | annull. |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
MŠK Žilina | 3 | 2 | 1 | 0 | 9:4 | 5 | 7 |
| 2 |
|
Slovan Bratislava | 3 | 2 | 0 | 1 | 4:4 | 0 | 6 |
| 3 |
|
Spartak Trnava | 3 | 1 | 2 | 0 | 4:3 | 1 | 5 |
| 4 |
|
FO ŽP Šport Podbrezová | 2 | 1 | 1 | 0 | 3:1 | 2 | 4 |
| 5 |
|
MFK Ružomberok | 3 | 1 | 1 | 1 | 4:4 | 0 | 4 |
| 6 |
|
MFK Zemplín Michalovce | 3 | 1 | 1 | 1 | 2:3 | -1 | 4 |
| 7 |
|
Zlaté Moravce | 2 | 1 | 0 | 1 | 5:3 | 2 | 3 |
| 8 |
|
AS Trenčín | 3 | 1 | 0 | 2 | 4:5 | -1 | 3 |
| 9 |
|
FK Senica | 3 | 1 | 0 | 2 | 2:4 | -2 | 3 |
| 10 |
|
FC DAC 1904 | 2 | 0 | 1 | 1 | 3:4 | -1 | 1 |
| 11 |
|
1. FC Tatran Prešov | 3 | 0 | 1 | 2 | 0:5 | -5 | 1 |
| 12 |
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Spartak Myjava | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Abstieg |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. Die absolvierten Spiele wurden annulliert. |
