| 1. Spieltag | 21.07.2012 | Wacker Burghausen | - | Preußen Münster | 0:2 | ||||
| 3. Spieltag | 04.08.2012 | Wacker Burghausen | - | Chemnitzer FC | 2:1 | ||||
| 4. Spieltag | 07.08.2012 | Borussia Dortmund II | - | Wacker Burghausen | 2:1 |  |
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| 5. Spieltag | 11.08.2012 | Wacker Burghausen | - | SV Darmstadt 98 | 1:0 | ||||
| 6. Spieltag | 25.08.2012 | 1. FC Saarbrücken | - | Wacker Burghausen | 3:0 | ||||
| 8. Spieltag | 01.09.2012 | Kickers Offenbach | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 9. Spieltag | 15.09.2012 | Wacker Burghausen | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 | ||||
| 20. Spieltag | 01.12.2012 | Preußen Münster | - | Wacker Burghausen | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 15.12.2012 | Chemnitzer FC | - | Wacker Burghausen | 2:1 |
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