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| 07.08.2012 | 19:00 | SV Babelsberg 03 | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:2 (0:2) | |
| 19:00 | SpVgg Unterhaching | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 4:1 (1:0) | ||
| 19:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | VfB Stuttgart II | 1:1 (1:0) | ||
| 19:00 | 1. FC Saarbrücken | - | Alemannia Aachen | 1:2 (1:0) | ||
| 19:00 | Borussia Dortmund II | - | Wacker Burghausen | 2:1 (2:0) | ||
| 08.08.2012 | 19:00 | Stuttgarter Kickers | - | Hallescher FC | 0:0 (0:0) | |
| 19:00 | Karlsruher SC | - | VfL Osnabrück | 1:1 (1:0) | ||
| 19:00 | Kickers Offenbach | - | Arminia Bielefeld | 1:3 (0:2) | ||
| 19:00 | Chemnitzer FC | - | SV Darmstadt 98 | 3:1 (2:0) | ||
| 19:00 | Preußen Münster | - | Hansa Rostock | 5:2 (2:2) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Unterhaching | 4 | 3 | 1 | 0 | 9:1 | 8 | 10 |
| 2 |
|
VfL Osnabrück | 4 | 3 | 1 | 0 | 6:1 | 5 | 10 |
| 3 |
|
Preußen Münster | 4 | 3 | 0 | 1 | 9:4 | 5 | 9 |
| 4 |
|
Hallescher FC | 4 | 2 | 2 | 0 | 4:0 | 4 | 8 |
| 5 |
|
Arminia Bielefeld | 4 | 2 | 2 | 0 | 8:5 | 3 | 8 |
| 6 |
|
VfB Stuttgart II | 4 | 2 | 1 | 1 | 6:3 | 3 | 7 |
| 7 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 4 | 2 | 1 | 1 | 9:7 | 2 | 7 |
| 8 |
|
Chemnitzer FC | 4 | 2 | 0 | 2 | 5:4 | 1 | 6 |
| 9 |
|
Hansa Rostock | 4 | 2 | 0 | 2 | 8:10 | -2 | 6 |
| 10 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 4 | 1 | 2 | 1 | 5:5 | 0 | 5 |
| 11 |
|
Borussia Dortmund II | 4 | 1 | 2 | 1 | 4:5 | -1 | 5 |
| 12 |
|
SV Babelsberg 03 | 4 | 1 | 1 | 2 | 5:7 | -2 | 4 |
| 13 |
|
SV Darmstadt 98 | 4 | 1 | 1 | 2 | 3:6 | -3 | 4 |
| 14 |
|
Alemannia Aachen | 4 | 2 | 2 | 0 | 7:5 | 2 | 3 |
| 15 |
|
1. FC Saarbrücken | 4 | 1 | 0 | 3 | 4:6 | -2 | 3 |
| 16 |
|
Karlsruher SC | 4 | 0 | 3 | 1 | 3:5 | -2 | 3 |
| 17 |
|
Wacker Burghausen | 4 | 1 | 0 | 3 | 5:8 | -3 | 3 |
| 18 |
|
Stuttgarter Kickers | 4 | 0 | 2 | 2 | 2:4 | -2 | 2 |
| 19 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 4 | 0 | 1 | 3 | 2:11 | -9 | 1 |
| 20 |
|
Kickers Offenbach | 4 | 0 | 0 | 4 | 2:9 | -7 | -2 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
