| 1. Spieltag | 05.08.2012 | Eintracht Braunschweig | - | 1. FC Köln | 1:0 | ||||
| 2. Spieltag | 10.08.2012 | 1. FC Köln | - | SV Sandhausen | 1:1 | ||||
| 3. Spieltag | 27.08.2012 | Erzgebirge Aue | - | 1. FC Köln | 2:0 |  |
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| 4. Spieltag | 31.08.2012 | 1. FC Köln | - | Energie Cottbus | 0:1 | |
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| 14. Spieltag | 16.11.2012 | TSV 1860 München | - | 1. FC Köln | 0:2 | |
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| 15. Spieltag | 23.11.2012 | 1. FC Köln | - | VfL Bochum | 3:1 | ||||
| 18. Spieltag | 10.12.2012 | 1. FC Köln | - | Eintracht Braunschweig | 2:2 |
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