| 28. Spieltag | 27.03.2009 | SC Paderborn 07 | - | VfB Stuttgart II | 1:1 |  |
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| 33. Spieltag | 25.04.2009 | Eintracht Braunschweig | - | SC Paderborn 07 | 2:0 | ||||
| 34. Spieltag | 02.05.2009 | SC Paderborn 07 | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 | ||||
| 35. Spieltag | 09.05.2009 | VfR Aalen | - | SC Paderborn 07 | 3:3 | |
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| 36. Spieltag | 12.05.2009 | SC Paderborn 07 | - | Werder Bremen II | 0:2 | ||||
| 37. Spieltag | 16.05.2009 | SC Paderborn 07 | - | Wacker Burghausen | 6:0 | |
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| 38. Spieltag | 23.05.2009 | Stuttgarter Kickers | - | SC Paderborn 07 | 0:3 | |
Deutschland