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| 24.04.2009 | 18:30 | Wuppertaler SV | - | Fortuna Düsseldorf | 0:0 (0:0) | |
| 19:00 | VfB Stuttgart II | - | Jahn Regensburg | 1:2 (1:1) | ||
| 25.04.2009 | 14:00 | FC Carl Zeiss Jena | - | Werder Bremen II | 3:1 (0:1) | |
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | VfR Aalen | 1:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Kickers Emden | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | SV Sandhausen | 0:3 (0:1) | ||
| 14:00 | 1. FC Union Berlin | - | SpVgg Unterhaching | 0:1 (0:1) | ||
| 14:00 | Dynamo Dresden | - | Stuttgarter Kickers | 1:2 (1:1) | ||
| 14:00 | Eintracht Braunschweig | - | SC Paderborn 07 | 2:0 (1:0) | ||
| 26.04.2009 | 14:00 | Bayern München II | - | Erzgebirge Aue | 2:3 (0:3) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
1. FC Union Berlin | 33 | 20 | 10 | 3 | 53:19 | 34 | 70 |
| 2 |
|
SpVgg Unterhaching | 33 | 18 | 6 | 9 | 49:39 | 10 | 60 |
| 3 |
|
SC Paderborn 07 | 33 | 17 | 7 | 9 | 54:33 | 21 | 58 |
| 4 |
|
Fortuna Düsseldorf | 33 | 16 | 8 | 9 | 44:27 | 17 | 56 |
| 5 |
|
Kickers Emden | 33 | 14 | 9 | 10 | 39:36 | 3 | 51 |
| 6 |
|
Bayern München II | 33 | 12 | 14 | 7 | 43:33 | 10 | 50 |
| 7 |
|
Kickers Offenbach | 33 | 12 | 11 | 10 | 37:32 | 5 | 47 |
| 8 |
|
SV Sandhausen | 33 | 12 | 10 | 11 | 51:44 | 7 | 46 |
| 9 |
|
Erzgebirge Aue | 33 | 12 | 10 | 11 | 42:37 | 5 | 46 |
| 10 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 33 | 13 | 7 | 13 | 40:40 | 0 | 46 |
| 11 |
|
Eintracht Braunschweig | 33 | 12 | 7 | 14 | 37:36 | 1 | 43 |
| 12 |
|
VfB Stuttgart II | 33 | 11 | 9 | 13 | 51:43 | 8 | 42 |
| 13 |
|
Dynamo Dresden | 33 | 11 | 9 | 13 | 39:41 | -2 | 42 |
| 14 |
|
Jahn Regensburg | 33 | 9 | 11 | 13 | 31:45 | -14 | 38 |
| 15 |
|
Wuppertaler SV | 33 | 9 | 10 | 14 | 31:40 | -9 | 37 |
| 16 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 33 | 9 | 9 | 15 | 35:51 | -16 | 36 |
| 17 |
|
Wacker Burghausen | 33 | 9 | 8 | 16 | 34:52 | -18 | 35 |
| 18 |
|
VfR Aalen | 33 | 7 | 14 | 12 | 28:49 | -21 | 35 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 33 | 7 | 9 | 17 | 40:54 | -14 | 30 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 33 | 6 | 10 | 17 | 34:61 | -27 | 25 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
|
# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
