| 9. Spieltag | 04.10.2008 | 1. FC Union Berlin | - | VfR Aalen | 3:0 | ||||
| 15. Spieltag | 15.11.2008 | VfR Aalen | - | Werder Bremen II | 1:0 | ||||
| 17. Spieltag | 29.11.2008 | VfR Aalen | - | Stuttgarter Kickers | 3:1 |  |
|||
| 19. Spieltag | 13.12.2008 | VfR Aalen | - | SpVgg Unterhaching | 2:3 | ||||
| 20. Spieltag | 21.12.2008 | VfR Aalen | - | SV Sandhausen | 0:0 | ||||
| 33. Spieltag | 25.04.2009 | Wacker Burghausen | - | VfR Aalen | 1:0 | ||||
| 34. Spieltag | 03.05.2009 | Werder Bremen II | - | VfR Aalen | 3:1 | ||||
| 37. Spieltag | 16.05.2009 | VfR Aalen | - | Fortuna Düsseldorf | 1:2 |
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