# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 5 4 1 0 6:0 6 13
2 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 5 4 1 0 6:1 5 13
3 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 5 3 1 1 6:2 4 10
4 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 5 1 4 0 3:1 2 7
5 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 5 1 4 0 6:5 1 7
6 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 5 2 1 2 5:5 0 7
7 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 5 2 1 2 3:3 0 7
8 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 5 2 1 2 2:2 0 7
9 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 5 2 1 2 5:6 -1 7
10 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 5 2 1 2 3:4 -1 7
11 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 5 1 3 1 3:3 0 6
12 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 5 1 2 2 3:4 -1 5
13 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 5 1 2 2 4:6 -2 5
14 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 5 1 2 2 3:5 -2 5
15 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 5 1 1 3 1:3 -2 4
16 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 5 0 3 2 4:6 -2 3
17 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 5 0 3 2 1:3 -2 3
18 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 5 0 2 3 2:7 -5 2
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.

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