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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SC Paderborn 07 | 22 | 11 | 7 | 4 | 19:8 | 11 | 40 |
| 2 |
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1. FC Union Berlin | 22 | 10 | 9 | 3 | 15:6 | 9 | 39 |
| 3 |
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Kickers Emden | 22 | 10 | 8 | 4 | 15:5 | 10 | 38 |
| 4 |
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SV Sandhausen | 22 | 9 | 8 | 5 | 14:10 | 4 | 35 |
| 5 |
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SpVgg Unterhaching | 22 | 8 | 8 | 6 | 16:13 | 3 | 32 |
| 6 |
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Bayern München II | 22 | 7 | 11 | 4 | 11:9 | 2 | 32 |
| 7 |
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Rot-Weiß Erfurt | 22 | 7 | 10 | 5 | 14:9 | 5 | 31 |
| 8 |
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Fortuna Düsseldorf | 22 | 7 | 10 | 5 | 13:8 | 5 | 31 |
| 9 |
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Eintracht Braunschweig | 22 | 8 | 7 | 7 | 15:14 | 1 | 31 |
| 10 |
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VfB Stuttgart II | 22 | 8 | 6 | 8 | 17:12 | 5 | 30 |
| 11 |
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Werder Bremen II | 22 | 5 | 13 | 4 | 14:16 | -2 | 28 |
| 12 |
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Kickers Offenbach | 22 | 5 | 9 | 8 | 7:10 | -3 | 24 |
| 13 |
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Wacker Burghausen | 22 | 5 | 9 | 8 | 12:16 | -4 | 24 |
| 14 |
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Erzgebirge Aue | 22 | 5 | 9 | 8 | 11:16 | -5 | 24 |
| 15 |
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FC Carl Zeiss Jena | 22 | 5 | 9 | 8 | 8:18 | -10 | 24 |
| 16 |
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Stuttgarter Kickers | 22 | 3 | 14 | 5 | 14:17 | -3 | 23 |
| 17 |
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VfR Aalen | 22 | 3 | 12 | 7 | 6:13 | -7 | 21 |
| 18 |
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Dynamo Dresden | 22 | 3 | 11 | 8 | 11:17 | -6 | 20 |
| 19 |
|
Wuppertaler SV | 22 | 3 | 11 | 8 | 8:15 | -7 | 20 |
| 20 |
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Jahn Regensburg | 22 | 3 | 9 | 10 | 5:13 | -8 | 18 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
