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| 21.02.2009 | 14:00 | Kickers Emden | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:1 (1:0) | |
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | Wuppertaler SV | 1:2 (1:1) | ||
| 22.02.2009 | 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | Fortuna Düsseldorf | 2:1 (2:0) | |
| 17.03.2009 | 19:00 | Erzgebirge Aue | - | Werder Bremen II | 0:1 (0:0) | |
| 19:00 | Bayern München II | - | Eintracht Braunschweig | 0:1 (0:1) | ||
| 19:00 | VfB Stuttgart II | - | Dynamo Dresden | 2:0 (0:0) | ||
| 19:00 | SV Sandhausen | - | Stuttgarter Kickers | 2:0 (1:0) | ||
| 18.03.2009 | 19:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | VfR Aalen | 0:0 (0:0) | |
| 19:00 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Union Berlin | 0:0 (0:0) | ||
| 19:00 | Jahn Regensburg | - | SC Paderborn 07 | 0:4 (0:3) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
1. FC Union Berlin | 23 | 13 | 8 | 2 | 37:15 | 22 | 47 |
| 2 |
|
SC Paderborn 07 | 23 | 14 | 3 | 6 | 44:25 | 19 | 45 |
| 3 |
|
Kickers Emden | 23 | 12 | 6 | 5 | 33:22 | 11 | 42 |
| 4 |
|
Fortuna Düsseldorf | 23 | 12 | 4 | 7 | 34:19 | 15 | 40 |
| 5 |
|
SpVgg Unterhaching | 23 | 11 | 5 | 7 | 31:31 | 0 | 38 |
| 6 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 23 | 10 | 6 | 7 | 31:23 | 8 | 36 |
| 7 |
|
SV Sandhausen | 23 | 9 | 7 | 7 | 36:30 | 6 | 34 |
| 8 |
|
Kickers Offenbach | 23 | 8 | 9 | 6 | 28:21 | 7 | 33 |
| 9 |
|
Bayern München II | 23 | 7 | 12 | 4 | 28:24 | 4 | 33 |
| 10 |
|
VfB Stuttgart II | 23 | 8 | 6 | 9 | 37:31 | 6 | 30 |
| 11 |
|
Eintracht Braunschweig | 23 | 8 | 6 | 9 | 28:27 | 1 | 30 |
| 12 |
|
Erzgebirge Aue | 23 | 7 | 7 | 9 | 30:30 | 0 | 28 |
| 13 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 23 | 6 | 8 | 9 | 26:37 | -11 | 26 |
| 14 |
|
Dynamo Dresden | 23 | 6 | 7 | 10 | 22:29 | -7 | 25 |
| 15 |
|
VfR Aalen | 23 | 4 | 13 | 6 | 17:25 | -8 | 25 |
| 16 |
|
Wuppertaler SV | 23 | 6 | 6 | 11 | 22:34 | -12 | 24 |
| 17 |
|
Jahn Regensburg | 23 | 5 | 9 | 9 | 22:36 | -14 | 24 |
| 18 |
|
Wacker Burghausen | 23 | 5 | 7 | 11 | 25:41 | -16 | 22 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 23 | 5 | 5 | 13 | 30:40 | -10 | 20 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 23 | 3 | 8 | 12 | 26:47 | -21 | 14 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
|
# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
