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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 16 | 11 | 5 | 0 | 30:8 | 22 | 38 |
| 2 |
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SpVgg Unterhaching | 16 | 12 | 2 | 2 | 25:9 | 16 | 38 |
| 3 |
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Kickers Offenbach | 16 | 9 | 5 | 2 | 25:11 | 14 | 32 |
| 4 |
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Fortuna Düsseldorf | 16 | 8 | 6 | 2 | 25:15 | 10 | 30 |
| 5 |
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Rot-Weiß Erfurt | 16 | 9 | 3 | 4 | 26:18 | 8 | 30 |
| 6 |
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Bayern München II | 15 | 8 | 5 | 2 | 23:13 | 10 | 29 |
| 7 |
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SV Sandhausen | 16 | 8 | 4 | 4 | 28:16 | 12 | 28 |
| 8 |
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VfB Stuttgart II | 16 | 8 | 3 | 5 | 26:15 | 11 | 27 |
| 9 |
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SC Paderborn 07 | 16 | 7 | 6 | 3 | 21:10 | 11 | 27 |
| 10 |
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VfR Aalen | 17 | 6 | 8 | 3 | 20:18 | 2 | 26 |
| 11 |
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Eintracht Braunschweig | 16 | 7 | 4 | 5 | 23:15 | 8 | 25 |
| 12 |
|
Erzgebirge Aue | 16 | 7 | 4 | 5 | 19:13 | 6 | 25 |
| 13 |
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Kickers Emden | 15 | 7 | 4 | 4 | 22:17 | 5 | 25 |
| 14 |
|
Werder Bremen II | 17 | 6 | 6 | 5 | 29:25 | 4 | 24 |
| 15 |
|
Dynamo Dresden | 16 | 6 | 6 | 4 | 21:19 | 2 | 24 |
| 16 |
|
Wuppertaler SV | 16 | 6 | 3 | 7 | 22:23 | -1 | 21 |
| 17 |
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Jahn Regensburg | 16 | 6 | 3 | 7 | 15:22 | -7 | 21 |
| 18 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 16 | 4 | 7 | 5 | 16:23 | -7 | 19 |
| 19 |
|
Wacker Burghausen | 16 | 5 | 3 | 8 | 17:25 | -8 | 18 |
| 20 |
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Stuttgarter Kickers | 16 | 3 | 6 | 7 | 17:24 | -7 | 15 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
