# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 18 12 5 1 36:10 26 41
2 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 18 12 5 1 32:11 21 41
3 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 18 12 4 2 32:14 18 40
4 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 18 12 4 2 38:21 17 40
5 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 18 11 6 1 36:14 22 39
6 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 18 11 2 5 29:19 10 35
7 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 18 9 6 3 27:19 8 33
8 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 18 9 5 4 27:19 8 32
9 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 18 7 7 4 18:15 3 28
10 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 18 8 4 6 30:29 1 28
11 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 18 7 5 6 17:18 -1 26
12 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 18 6 7 5 32:24 8 25
13 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 18 7 3 8 22:22 0 24
14 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 18 6 6 6 19:19 0 24
15 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 18 6 6 6 24:27 -3 24
16 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 18 5 8 5 17:20 -3 23
17 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 18 5 6 7 14:17 -3 21
18 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 18 6 3 9 14:19 -5 21
19 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 18 5 5 8 17:18 -1 20
20 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 18 4 4 10 23:36 -13 16
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.

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