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| 03.05.2013 | 18:00 | VfB Stuttgart II | - | Arminia Bielefeld | 0:1 (0:1) | |
| 19:00 | SV Wehen Wiesbaden | - | 1. FC Saarbrücken | 3:1 (1:1) | ||
| 04.05.2013 | 14:00 | VfL Osnabrück | - | Wacker Burghausen | 1:0 (1:0) | |
| 14:00 | SV Babelsberg 03 | - | SpVgg Unterhaching | 3:1 (2:1) | ||
| 14:00 | Preußen Münster | - | Stuttgarter Kickers | 0:1 (0:0) | ||
| 14:00 | Chemnitzer FC | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:2 (0:1) | ||
| 14:00 | Hansa Rostock | - | Kickers Offenbach | 2:2 (1:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Borussia Dortmund II | 2:2 (1:1) | ||
| 14:00 | Hallescher FC | - | Alemannia Aachen | 1:0 (1:0) | ||
| 05.05.2013 | 14:00 | SV Darmstadt 98 | - | Karlsruher SC | 0:1 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Karlsruher SC | 36 | 22 | 9 | 5 | 64:24 | 40 | 75 |
| 2 |
|
Arminia Bielefeld | 36 | 21 | 10 | 5 | 58:31 | 27 | 73 |
| 3 |
|
VfL Osnabrück | 36 | 21 | 7 | 8 | 60:34 | 26 | 70 |
| 4 |
|
Preußen Münster | 36 | 19 | 12 | 5 | 59:29 | 30 | 69 |
| 5 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 36 | 20 | 8 | 8 | 67:46 | 21 | 68 |
| 6 |
|
Chemnitzer FC | 36 | 14 | 9 | 13 | 50:46 | 4 | 51 |
| 7 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 36 | 11 | 18 | 7 | 49:46 | 3 | 51 |
| 8 |
|
SpVgg Unterhaching | 36 | 13 | 9 | 14 | 45:50 | -5 | 48 |
| 9 |
|
Wacker Burghausen | 36 | 12 | 9 | 15 | 40:45 | -5 | 45 |
| 10 |
|
1. FC Saarbrücken | 36 | 12 | 9 | 15 | 50:58 | -8 | 45 |
| 11 |
|
VfB Stuttgart II | 36 | 11 | 10 | 15 | 33:37 | -4 | 43 |
| 12 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 36 | 11 | 10 | 15 | 42:54 | -12 | 43 |
| 13 |
|
Hansa Rostock | 36 | 11 | 9 | 16 | 38:51 | -13 | 42 |
| 14 |
|
Hallescher FC | 36 | 11 | 9 | 16 | 33:47 | -14 | 42 |
| 15 |
|
Kickers Offenbach | 36 | 10 | 10 | 16 | 40:44 | -4 | 38 |
| 16 |
|
Stuttgarter Kickers | 36 | 10 | 8 | 18 | 37:46 | -9 | 38 |
| 17 |
|
SV Babelsberg 03 | 36 | 9 | 10 | 17 | 31:46 | -15 | 37 |
| 18 |
|
Borussia Dortmund II | 36 | 8 | 13 | 15 | 36:56 | -20 | 37 |
| 19 |
|
SV Darmstadt 98 | 36 | 7 | 13 | 16 | 27:43 | -16 | 34 |
| 20 |
|
Alemannia Aachen | 36 | 6 | 10 | 20 | 36:62 | -26 | 23 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
