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| 09.05.2009 | 16:00 | FC Levadia | - | Paide Linnameeskond | 2:0 (1:0) | |
| 16:00 | JK Nõmme Kalju | - | FC Kuressaare | 6:1 (4:1) | ||
| 16:00 | JK Tammeka | - | FC Flora | 0:4 (0:1) | ||
| 16:00 | Tulevik Viljandi | - | JK Tallinna Kalev | 2:1 (0:0) | ||
| 18:30 | JK Sillamäe Kalev | - | JK Narva Trans | 2:1 (2:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 10 | 10 | 0 | 0 | 37:4 | 33 | 30 |
| 2 |
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JK Sillamäe Kalev | 10 | 8 | 0 | 2 | 30:10 | 20 | 24 |
| 3 |
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FC Flora | 10 | 6 | 1 | 3 | 18:10 | 8 | 19 |
| 4 |
|
Tulevik Viljandi | 10 | 5 | 3 | 2 | 14:14 | 0 | 18 |
| 5 |
|
JK Nõmme Kalju | 10 | 5 | 1 | 4 | 18:14 | 4 | 16 |
| 6 |
|
JK Narva Trans | 10 | 5 | 1 | 4 | 23:12 | 11 | 16 |
| 7 |
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FC Kuressaare | 10 | 2 | 2 | 6 | 5:22 | -17 | 8 |
| 8 |
|
Paide Linnameeskond | 10 | 2 | 1 | 7 | 4:23 | -19 | 7 |
| 9 |
|
JK Tallinna Kalev | 10 | 1 | 1 | 8 | 9:18 | -9 | 4 |
| 10 |
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JK Tammeka | 10 | 1 | 0 | 9 | 6:37 | -31 | 3 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Das Spiel FC Kuressaare - JK Nõmme Kalju (19. Spieltag) wurde vom Verband annuliert und für beide Teams mit 0 Punkten und 0 Toren gewertet, da beide nicht freigegebene Spieler eingesetzt haben. |
