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| 16.05.2009 | 16:00 | JK Tallinna Kalev | - | JK Sillamäe Kalev | 1:1 (0:1) | |
| 16:00 | FC Flora | - | Tulevik Viljandi | 1:0 (1:0) | ||
| 16:00 | FC Kuressaare | - | JK Tammeka | 0:0 | ||
| 16:00 | Paide Linnameeskond | - | JK Nõmme Kalju | 0:3 (0:0) | ||
| 18:30 | JK Narva Trans | - | FC Levadia | 0:3 (0:1) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 11 | 11 | 0 | 0 | 40:4 | 36 | 33 |
| 2 |
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JK Sillamäe Kalev | 11 | 8 | 1 | 2 | 31:11 | 20 | 25 |
| 3 |
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FC Flora | 11 | 7 | 1 | 3 | 19:10 | 9 | 22 |
| 4 |
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JK Nõmme Kalju | 11 | 6 | 1 | 4 | 21:14 | 7 | 19 |
| 5 |
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Tulevik Viljandi | 11 | 5 | 3 | 3 | 14:15 | -1 | 18 |
| 6 |
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JK Narva Trans | 11 | 5 | 1 | 5 | 23:15 | 8 | 16 |
| 7 |
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FC Kuressaare | 11 | 2 | 3 | 6 | 5:22 | -17 | 9 |
| 8 |
|
Paide Linnameeskond | 11 | 2 | 1 | 8 | 4:26 | -22 | 7 |
| 9 |
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JK Tallinna Kalev | 11 | 1 | 2 | 8 | 10:19 | -9 | 5 |
| 10 |
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JK Tammeka | 11 | 1 | 1 | 9 | 6:37 | -31 | 4 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Das Spiel FC Kuressaare - JK Nõmme Kalju (19. Spieltag) wurde vom Verband annuliert und für beide Teams mit 0 Punkten und 0 Toren gewertet, da beide nicht freigegebene Spieler eingesetzt haben. |
