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| 04.07.2009 | 16:00 | JK Tallinna Kalev | - | JK Tammeka | 0:4 (0:3) | |
| 18:30 | JK Sillamäe Kalev | - | Tulevik Viljandi | 1:0 (1:0) | ||
| 07.07.2009 | 17:45 | FC Kuressaare | - | FC Levadia | 1:7 (1:4) | |
| 28.07.2009 | 17:45 | Paide Linnameeskond | - | JK Narva Trans | 0:5 (0:3) | |
| 04.08.2009 | 17:45 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 0:0 (0:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Levadia | 18 | 16 | 2 | 0 | 63:11 | 52 | 50 |
| 2 |
|
JK Sillamäe Kalev | 18 | 13 | 2 | 3 | 44:16 | 28 | 41 |
| 3 |
|
FC Flora | 18 | 11 | 3 | 4 | 37:15 | 22 | 36 |
| 4 |
|
JK Narva Trans | 18 | 11 | 2 | 5 | 41:20 | 21 | 35 |
| 5 |
|
JK Nõmme Kalju | 18 | 9 | 2 | 7 | 31:22 | 9 | 29 |
| 6 |
|
Tulevik Viljandi | 18 | 7 | 4 | 7 | 20:26 | -6 | 25 |
| 7 |
|
FC Kuressaare | 18 | 3 | 3 | 12 | 7:39 | -32 | 12 |
| 8 |
|
Paide Linnameeskond | 18 | 3 | 2 | 13 | 6:41 | -35 | 11 |
| 9 |
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JK Tallinna Kalev | 18 | 2 | 4 | 12 | 15:32 | -17 | 10 |
| 10 |
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JK Tammeka | 18 | 2 | 2 | 14 | 12:54 | -42 | 8 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Das Spiel FC Kuressaare - JK Nõmme Kalju (19. Spieltag) wurde vom Verband annuliert und für beide Teams mit 0 Punkten und 0 Toren gewertet, da beide nicht freigegebene Spieler eingesetzt haben. |
