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| 11.07.2009 | 16:00 | Paide Linnameeskond | - | FC Levadia | 1:5 (0:4) | |
| 16:00 | FC Flora | - | JK Tammeka | 2:1 (1:0) | ||
| 18:30 | JK Tallinna Kalev | - | Tulevik Viljandi | 0:2 (0:1) | ||
| 14.07.2009 | 17:45 | JK Narva Trans | - | JK Sillamäe Kalev | 0:1 (0:0) | |
| 17:45 | FC Kuressaare | - | JK Nõmme Kalju | annull. |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 19 | 17 | 2 | 0 | 68:12 | 56 | 53 |
| 2 |
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JK Sillamäe Kalev | 19 | 14 | 2 | 3 | 45:16 | 29 | 44 |
| 3 |
|
FC Flora | 19 | 12 | 3 | 4 | 39:16 | 23 | 39 |
| 4 |
|
JK Narva Trans | 19 | 11 | 2 | 6 | 41:21 | 20 | 35 |
| 5 |
|
JK Nõmme Kalju | 18 | 9 | 2 | 7 | 31:22 | 9 | 29 |
| 6 |
|
Tulevik Viljandi | 19 | 8 | 4 | 7 | 22:26 | -4 | 28 |
| 7 |
|
FC Kuressaare | 18 | 3 | 3 | 12 | 7:39 | -32 | 12 |
| 8 |
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Paide Linnameeskond | 19 | 3 | 2 | 14 | 7:46 | -39 | 11 |
| 9 |
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JK Tallinna Kalev | 19 | 2 | 4 | 13 | 15:34 | -19 | 10 |
| 10 |
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JK Tammeka | 19 | 2 | 2 | 15 | 13:56 | -43 | 8 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Das Spiel FC Kuressaare - JK Nõmme Kalju (19. Spieltag) wurde vom Verband annuliert und für beide Teams mit 0 Punkten und 0 Toren gewertet, da beide nicht freigegebene Spieler eingesetzt haben. |
