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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FK Kareda Siauliai | 12 | 10 | 2 | 0 | 44:4 | 40 | 32 |
| 2 |
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FK Zalgiris | 10 | 8 | 2 | 0 | 33:3 | 30 | 26 |
| 3 |
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FBK Kaunas | 10 | 8 | 2 | 0 | 32:6 | 26 | 26 |
| 4 |
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FK Ekranas | 11 | 6 | 4 | 1 | 21:8 | 13 | 22 |
| 5 |
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Inkaras Kaunas | 12 | 7 | 1 | 4 | 20:13 | 7 | 22 |
| 6 |
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FK Banga Gargždai | 11 | 5 | 3 | 3 | 15:11 | 4 | 18 |
| 7 |
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FK Nevėžis | 12 | 4 | 3 | 5 | 7:12 | -5 | 15 |
| 8 |
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FK Atlantas | 11 | 4 | 1 | 6 | 19:16 | 3 | 13 |
| 9 |
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FK Žalgiris B | 10 | 4 | 1 | 5 | 14:28 | -14 | 13 |
| 10 |
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FK Dainava Alytus | 11 | 3 | 1 | 7 | 10:19 | -9 | 10 |
| 11 |
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Kauno Jegeriai | 11 | 3 | 1 | 7 | 12:22 | -10 | 10 |
| 12 |
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Lokomotyvas Kaunas | 11 | 2 | 0 | 9 | 3:13 | -10 | 6 |
| 13 |
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Mastis Telšiai | 6 | 1 | 0 | 5 | 2:18 | -16 | 3 |
| 14 |
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FK Panerys | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
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# Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas) # Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert. # Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit. |
