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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FK Zalgiris | 8 | 5 | 2 | 1 | 19:5 | 14 | 17 |
| 2 |
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Zalgiris Kaunas | 8 | 5 | 2 | 1 | 11:5 | 6 | 17 |
| 3 |
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FK Atlantas | 9 | 4 | 4 | 1 | 20:12 | 8 | 16 |
| 4 |
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Inkaras Kaunas | 9 | 4 | 3 | 2 | 13:10 | 3 | 15 |
| 5 |
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FK Ekranas | 8 | 3 | 5 | 0 | 7:2 | 5 | 14 |
| 6 |
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FK Kareda Siauliai | 8 | 3 | 2 | 3 | 10:9 | 1 | 11 |
| 7 |
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FK Nevėžis | 9 | 1 | 3 | 5 | 5:14 | -9 | 6 |
| 8 |
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FK Banga Gargždai | 9 | 1 | 2 | 6 | 5:17 | -12 | 5 |
| 9 |
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FK Dainava Alytus | 9 | 0 | 3 | 6 | 4:18 | -14 | 3 |
| 10 |
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Ardena Vilnius | 8 | 0 | 2 | 6 | 1:14 | -13 | 2 |
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# Banga - Ardena (03.10.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Banga gewertet, wobei Banga die drei Punkte zugesprochen bekam. |
