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| 30.09.2016 | 19:00 | TSV Buchbach | - | SpVgg Unterhaching | 0:3 (0:2) | |
| 01.10.2016 | 14:00 | SV Seligenporten | - | SpVgg Bayreuth | 4:1 (2:0) | |
| 14:00 | FC Augsburg II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 3:2 (2:2) | ||
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 (0:0) | ||
| 14:00 | FV Illertissen | - | TSV 1860 München II | 2:0 (1:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Nürnberg II | - | TSV 1860 Rosenheim | 2:2 (0:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | VfR Garching | 1:3 (1:0) | ||
| 14:00 | SV Schalding-Heining | - | FC Memmingen | 2:3 (1:1) | ||
| 02.10.2016 | 14:00 | SpVgg Bayern Hof | - | Bayern München II | 1:0 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Unterhaching | 13 | 11 | 2 | 0 | 37:7 | 30 | 35 |
| 2 |
|
Bayern München II | 13 | 6 | 5 | 2 | 19:13 | 6 | 23 |
| 3 |
|
VfR Garching | 13 | 7 | 2 | 4 | 25:21 | 4 | 23 |
| 4 |
|
FC Augsburg II | 13 | 5 | 6 | 2 | 29:17 | 12 | 21 |
| 5 |
|
1. FC Nürnberg II | 13 | 6 | 3 | 4 | 29:25 | 4 | 21 |
| 6 |
|
SpVgg Bayreuth | 13 | 5 | 3 | 5 | 25:23 | 2 | 18 |
| 7 |
|
FC Memmingen | 13 | 4 | 5 | 4 | 24:19 | 5 | 17 |
| 8 |
|
TSV 1860 Rosenheim | 13 | 5 | 2 | 6 | 15:18 | -3 | 17 |
| 9 |
|
FV Illertissen | 13 | 5 | 2 | 6 | 19:24 | -5 | 17 |
| 10 |
|
1. FC Schweinfurt 05 | 13 | 5 | 2 | 6 | 20:26 | -6 | 17 |
| 11 |
|
SpVgg Greuther Fürth II | 13 | 4 | 4 | 5 | 20:18 | 2 | 16 |
| 12 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 13 | 3 | 6 | 4 | 21:24 | -3 | 15 |
| 13 |
|
Wacker Burghausen | 13 | 3 | 5 | 5 | 19:23 | -4 | 14 |
| 14 |
|
SV Seligenporten | 13 | 4 | 2 | 7 | 18:35 | -17 | 14 |
| 15 |
|
TSV Buchbach | 13 | 3 | 3 | 7 | 16:24 | -8 | 12 |
| 16 |
|
SV Schalding-Heining | 13 | 2 | 5 | 6 | 19:22 | -3 | 11 |
| 17 |
|
SpVgg Bayern Hof | 13 | 2 | 1 | 10 | 16:33 | -17 | 7 |
| 18 |
|
TSV 1860 München II | 13 | 7 | 2 | 4 | 0:0 | -9 | -40 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Der TSV 1860 München II steigt gemäß den Statuten des Verbands automatisch in die Bayernliga ab, da die Profimannschaft des Vereins aus der 2. Bundesliga absteigt. Der SV Seligenporten vermeidet damit den direkten Abstieg und spielt in der Relegation, Schalding-Heining ist gerettet. |
