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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Unterhaching | 28 | 18 | 9 | 1 | 41:11 | 30 | 63 |
| 2 |
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TSV 1860 München II | 28 | 14 | 8 | 6 | 24:12 | 12 | 50 |
| 3 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 28 | 12 | 10 | 6 | 30:24 | 6 | 46 |
| 4 |
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FC Augsburg II | 28 | 10 | 12 | 6 | 23:15 | 8 | 42 |
| 5 |
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VfR Garching | 28 | 11 | 9 | 8 | 30:23 | 7 | 42 |
| 6 |
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1. FC Nürnberg II | 28 | 11 | 8 | 9 | 32:33 | -1 | 41 |
| 7 |
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SpVgg Bayreuth | 28 | 10 | 9 | 9 | 24:23 | 1 | 39 |
| 8 |
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TSV 1860 Rosenheim | 28 | 10 | 8 | 10 | 26:28 | -2 | 38 |
| 9 |
|
FC Memmingen | 28 | 8 | 13 | 7 | 24:18 | 6 | 37 |
| 10 |
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TSV Buchbach | 28 | 9 | 9 | 10 | 21:22 | -1 | 36 |
| 11 |
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Bayern München II | 28 | 7 | 14 | 7 | 23:21 | 2 | 35 |
| 12 |
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Wacker Burghausen | 28 | 8 | 11 | 9 | 23:23 | 0 | 35 |
| 13 |
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FV Illertissen | 28 | 8 | 11 | 9 | 16:18 | -2 | 35 |
| 14 |
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FC Ingolstadt 04 II | 28 | 9 | 7 | 12 | 24:29 | -5 | 34 |
| 15 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 28 | 7 | 8 | 13 | 14:24 | -10 | 29 |
| 16 |
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SV Schalding-Heining | 28 | 6 | 9 | 13 | 20:31 | -11 | 27 |
| 17 |
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SV Seligenporten | 28 | 5 | 7 | 16 | 19:41 | -22 | 22 |
| 18 |
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SpVgg Bayern Hof | 28 | 4 | 8 | 16 | 14:32 | -18 | 20 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Der TSV 1860 München II steigt gemäß den Statuten des Verbands automatisch in die Bayernliga ab, da die Profimannschaft des Vereins aus der 2. Bundesliga absteigt. Der SV Seligenporten vermeidet damit den direkten Abstieg und spielt in der Relegation, Schalding-Heining ist gerettet. |
