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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Unterhaching | 30 | 16 | 10 | 4 | 36:7 | 29 | 58 |
| 2 |
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FC Memmingen | 30 | 16 | 9 | 5 | 30:15 | 15 | 57 |
| 3 |
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FC Augsburg II | 30 | 16 | 8 | 6 | 33:13 | 20 | 56 |
| 4 |
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Bayern München II | 30 | 11 | 14 | 5 | 20:11 | 9 | 47 |
| 5 |
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FV Illertissen | 30 | 11 | 10 | 9 | 22:21 | 1 | 43 |
| 6 |
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Wacker Burghausen | 30 | 10 | 12 | 8 | 19:22 | -3 | 42 |
| 7 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 30 | 10 | 10 | 10 | 21:22 | -1 | 40 |
| 8 |
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FC Ingolstadt 04 II | 30 | 9 | 12 | 9 | 21:17 | 4 | 39 |
| 9 |
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TSV 1860 München II | 30 | 9 | 11 | 10 | 15:16 | -1 | 38 |
| 10 |
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SV Schalding-Heining | 30 | 9 | 11 | 10 | 19:22 | -3 | 38 |
| 11 |
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1. FC Nürnberg II | 30 | 9 | 10 | 11 | 27:27 | 0 | 37 |
| 12 |
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TSV 1860 Rosenheim | 30 | 7 | 16 | 7 | 11:15 | -4 | 37 |
| 13 |
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SpVgg Bayreuth | 30 | 9 | 10 | 11 | 20:25 | -5 | 37 |
| 14 |
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SV Seligenporten | 30 | 7 | 14 | 9 | 17:25 | -8 | 35 |
| 15 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 30 | 6 | 14 | 10 | 21:23 | -2 | 32 |
| 16 |
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VfR Garching | 30 | 7 | 8 | 15 | 18:33 | -15 | 29 |
| 17 |
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TSV Buchbach | 30 | 6 | 9 | 15 | 16:32 | -16 | 27 |
| 18 |
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SpVgg Bayern Hof | 30 | 4 | 8 | 18 | 17:37 | -20 | 20 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Der TSV 1860 München II steigt gemäß den Statuten des Verbands automatisch in die Bayernliga ab, da die Profimannschaft des Vereins aus der 2. Bundesliga absteigt. Der SV Seligenporten vermeidet damit den direkten Abstieg und spielt in der Relegation, Schalding-Heining ist gerettet. |
