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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 24 | 14 | 5 | 5 | 26:9 | 17 | 47 |
| 2 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 24 | 12 | 8 | 4 | 22:11 | 11 | 44 |
| 3 |
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VfB Eichstätt | 24 | 10 | 10 | 4 | 16:7 | 9 | 40 |
| 4 |
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FC Memmingen | 24 | 10 | 7 | 7 | 20:17 | 3 | 37 |
| 5 |
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SpVgg Bayreuth | 24 | 9 | 9 | 6 | 14:10 | 4 | 36 |
| 6 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 24 | 9 | 8 | 7 | 17:13 | 4 | 35 |
| 7 |
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1. FC Nürnberg II | 24 | 8 | 11 | 5 | 13:9 | 4 | 35 |
| 8 |
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Wacker Burghausen | 24 | 8 | 8 | 8 | 15:13 | 2 | 32 |
| 9 |
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VfR Garching | 24 | 6 | 13 | 5 | 14:16 | -2 | 31 |
| 10 |
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FV Illertissen | 24 | 8 | 7 | 9 | 18:23 | -5 | 31 |
| 11 |
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FC Ingolstadt 04 II | 24 | 7 | 7 | 10 | 12:17 | -5 | 28 |
| 12 |
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FC Augsburg II | 24 | 7 | 6 | 11 | 14:18 | -4 | 27 |
| 13 |
|
SV Heimstetten | 24 | 5 | 11 | 8 | 12:18 | -6 | 26 |
| 14 |
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SV Schalding-Heining | 24 | 4 | 13 | 7 | 9:16 | -7 | 25 |
| 15 |
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FC Pipinsried | 24 | 7 | 4 | 13 | 14:25 | -11 | 25 |
| 16 |
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TSV 1860 Rosenheim | 24 | 4 | 12 | 8 | 8:11 | -3 | 24 |
| 17 |
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Viktoria Aschaffenburg | 24 | 5 | 9 | 10 | 11:16 | -5 | 24 |
| 18 |
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TSV Buchbach | 24 | 3 | 12 | 9 | 9:15 | -6 | 21 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
