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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 26 | 16 | 5 | 5 | 30:10 | 20 | 53 |
| 2 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 26 | 13 | 9 | 4 | 23:11 | 12 | 48 |
| 3 |
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VfB Eichstätt | 26 | 11 | 11 | 4 | 19:8 | 11 | 44 |
| 4 |
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SpVgg Bayreuth | 26 | 11 | 9 | 6 | 19:12 | 7 | 42 |
| 5 |
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1. FC Nürnberg II | 26 | 10 | 11 | 5 | 17:10 | 7 | 41 |
| 6 |
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FC Memmingen | 26 | 11 | 7 | 8 | 22:18 | 4 | 40 |
| 7 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 26 | 9 | 9 | 8 | 17:14 | 3 | 36 |
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Wacker Burghausen | 26 | 9 | 9 | 8 | 17:14 | 3 | 36 | |
| 9 |
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VfR Garching | 26 | 6 | 14 | 6 | 14:18 | -4 | 32 |
| 10 |
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FV Illertissen | 26 | 8 | 8 | 10 | 19:26 | -7 | 32 |
| 11 |
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FC Augsburg II | 26 | 7 | 8 | 11 | 16:20 | -4 | 29 |
| 12 |
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FC Ingolstadt 04 II | 26 | 7 | 8 | 11 | 13:19 | -6 | 29 |
| 13 |
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SV Schalding-Heining | 26 | 4 | 15 | 7 | 10:17 | -7 | 27 |
| 14 |
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TSV 1860 Rosenheim | 26 | 4 | 14 | 8 | 8:11 | -3 | 26 |
| 15 |
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SV Heimstetten | 26 | 5 | 11 | 10 | 12:21 | -9 | 26 |
| 16 |
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FC Pipinsried | 26 | 7 | 5 | 14 | 16:29 | -13 | 26 |
| 17 |
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TSV Buchbach | 26 | 4 | 12 | 10 | 10:16 | -6 | 24 |
| 18 |
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Viktoria Aschaffenburg | 26 | 5 | 9 | 12 | 12:20 | -8 | 24 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
