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| 06.12.2008 | 14:00 | Viktoria Aschaffenburg | - | Hessen Kassel | 0:1 (0:0) | |
| 14:00 | SV Darmstadt 98 | - | SV Wehen Wiesbaden II | 0:1 (0:0) | ||
| 14:00 | SSV Reutlingen | - | 1. FC Nürnberg II | 0:4 (0:1) | ||
| 14:00 | Waldhof Mannheim | - | SSV Ulm 1846 | 2:0 (0:0) | ||
| 14:00 | SpVgg Greuther Fürth II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 3:1 (2:0) | ||
| 14:00 | SC Freiburg II | - | TSV 1860 München II | 1:3 (1:2) | ||
| 14:00 | TSV Großbardorf | - | SpVgg Unterhaching II | 6:1 (2:1) | ||
| 07.12.2008 | 14:00 | Eintracht Frankfurt II | - | SC Pfullendorf | 2:0 (1:0) | |
| 07.04.2009 | 18:00 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Karlsruher SC II | 3:0 (0:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Eintracht Frankfurt II | 16 | 11 | 4 | 1 | 31:10 | 21 | 37 |
| 2 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 16 | 9 | 4 | 3 | 28:16 | 12 | 31 |
| 3 |
|
Waldhof Mannheim | 16 | 10 | 1 | 5 | 29:18 | 11 | 31 |
| 4 |
|
Hessen Kassel | 16 | 9 | 3 | 4 | 32:16 | 16 | 30 |
| 5 |
|
SSV Ulm 1846 | 16 | 6 | 8 | 2 | 24:16 | 8 | 26 |
| 6 |
|
SV Wehen Wiesbaden II | 16 | 8 | 2 | 6 | 20:13 | 7 | 26 |
| 7 |
|
1. FC Nürnberg II | 16 | 7 | 4 | 5 | 27:18 | 9 | 25 |
| 8 |
|
SC Pfullendorf | 16 | 7 | 3 | 6 | 22:23 | -1 | 24 |
| 9 |
|
SpVgg Greuther Fürth II | 16 | 6 | 5 | 5 | 20:15 | 5 | 23 |
| 10 |
|
TSV 1860 München II | 16 | 6 | 5 | 5 | 23:20 | 3 | 23 |
| 11 |
|
Karlsruher SC II | 16 | 5 | 4 | 7 | 19:25 | -6 | 19 |
| 12 |
|
SV Darmstadt 98 | 16 | 4 | 6 | 6 | 21:22 | -1 | 18 |
| 13 |
|
Viktoria Aschaffenburg | 16 | 3 | 8 | 5 | 14:18 | -4 | 17 |
| 14 |
|
1. FC Eintracht Bamberg | 16 | 4 | 5 | 7 | 29:37 | -8 | 17 |
| 15 |
|
SSV Reutlingen | 16 | 4 | 4 | 8 | 16:28 | -12 | 16 |
| 16 |
|
TSV Großbardorf | 16 | 3 | 5 | 8 | 21:36 | -15 | 14 |
| 17 |
|
SC Freiburg II | 16 | 2 | 4 | 10 | 13:33 | -20 | 10 |
| 18 |
|
SpVgg Unterhaching II | 16 | 1 | 3 | 12 | 15:40 | -25 | 6 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Das Spiel Unterhaching II - 1860 II (25. Spieltag) wurde wegen des Einsatzes eines nicht spielberechtigten Spielers mit 0:2 gewertet. # Viktoria Aschaffenburg hat aus finanziellen Gründen keine Lizenz für die Saison 2009/2010 beantragt und steht damit als Absteiger fest. |
