# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 18 11 2 5 27:17 10 59
2 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 18 8 7 3 25:18 7 55
3 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 18 9 4 5 34:19 15 53
4 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 18 8 7 3 27:21 6 53
5 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 18 7 6 5 32:21 11 51
6 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 18 9 4 5 31:25 6 49
7 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 18 8 5 5 25:17 8 47
8 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 18 7 4 7 22:23 -1 43
9 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 18 8 3 7 27:31 -4 41
10 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 18 8 2 8 27:31 -4 40
11 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 18 5 6 7 22:27 -5 33
12 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 16 4 6 6 22:28 -6 28
13 FC Sion, Schweiz FC Sion 2 2 0 0 4:0 4 26
14 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 18 4 3 11 21:28 -7 25
15 FC Baden, Schweiz FC Baden 18 4 2 12 21:36 -15 24
16 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 18 4 3 11 13:25 -12 23
17 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 18 4 4 10 22:35 -13 20
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.

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