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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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MŠK Žilina | 7 | 5 | 1 | 1 | 15:3 | 12 | 16 |
| 2 |
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FO ŽP Šport Podbrezová | 8 | 5 | 1 | 2 | 9:4 | 5 | 16 |
| 3 |
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Spartak Trnava | 6 | 2 | 3 | 1 | 9:13 | -4 | 9 |
| 4 |
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FK Senica | 7 | 2 | 2 | 3 | 7:9 | -2 | 8 |
| 5 |
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Slovan Bratislava | 6 | 2 | 1 | 3 | 9:8 | 1 | 7 |
| 6 |
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FC DAC 1904 | 9 | 1 | 3 | 5 | 11:13 | -2 | 6 |
| 7 |
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AS Trenčín | 8 | 2 | 0 | 6 | 7:18 | -11 | 6 |
| 8 |
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Zlaté Moravce | 9 | 1 | 2 | 6 | 8:20 | -12 | 5 |
| 9 |
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MFK Ružomberok | 7 | 1 | 1 | 5 | 8:14 | -6 | 4 |
| 10 |
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1. FC Tatran Prešov | 7 | 0 | 4 | 3 | 4:11 | -7 | 4 |
| 11 |
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MFK Zemplín Michalovce | 6 | 1 | 1 | 4 | 4:12 | -8 | 4 |
| 12 |
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Spartak Myjava | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Abstieg |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. Die absolvierten Spiele wurden annulliert. |
