| 23. Spieltag | 09.03.2017 | Bayern München II | - | SpVgg Bayreuth | 1:1 | ||||
| 29. Spieltag | 17.04.2017 | Bayern München II | - | SpVgg Bayern Hof | 5:0 | ||||
| 30. Spieltag | 22.04.2017 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 31. Spieltag | 28.04.2017 | FC Augsburg II | - | Bayern München II | 3:3 |  |
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| 32. Spieltag | 05.05.2017 | Bayern München II | - | SV Schalding-Heining | 6:2 | ||||
| 33. Spieltag | 12.05.2017 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Bayern München II | 1:3 | ||||
| 34. Spieltag | 18.05.2017 | Bayern München II | - | 1. FC Nürnberg II | 2:1 |
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