# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 18 12 3 3 14:4 10 39
2 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 18 9 7 2 14:7 7 34
3 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 18 8 8 2 12:3 9 32
4 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 18 10 2 6 13:8 5 32
5 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 18 8 6 4 13:8 5 30
6 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 18 6 7 5 9:6 3 25
7 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 18 7 4 7 10:10 0 25
8 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 18 5 9 4 7:6 1 24
9 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 18 6 6 6 10:10 0 24
10 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 18 4 11 3 7:6 1 23
11 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 18 6 5 7 13:13 0 23
12 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 18 5 7 6 9:9 0 22
13 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 18 4 8 6 8:8 0 20
14 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 18 3 8 7 9:14 -5 17
15 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 18 2 9 7 4:10 -6 15
16 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 18 3 6 9 9:19 -10 15
17 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 18 2 8 8 5:14 -9 14
18 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 18 2 6 10 6:17 -11 12
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.

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