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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hertha BSC | 18 | 9 | 6 | 3 | 22:11 | 11 | 33 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 18 | 9 | 3 | 6 | 17:8 | 9 | 30 |
| 3 |
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FSV Frankfurt | 18 | 7 | 7 | 4 | 16:12 | 4 | 28 |
| 4 |
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Energie Cottbus | 18 | 6 | 8 | 4 | 13:12 | 1 | 26 |
| 5 |
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MSV Duisburg | 18 | 7 | 5 | 6 | 11:16 | -5 | 26 |
| 6 |
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SC Paderborn 07 | 18 | 6 | 7 | 5 | 16:14 | 2 | 25 |
| 7 |
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FC St. Pauli | 18 | 6 | 7 | 5 | 14:12 | 2 | 25 |
| 8 |
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VfR Aalen | 18 | 6 | 7 | 5 | 12:10 | 2 | 25 |
| 9 |
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Erzgebirge Aue | 18 | 7 | 4 | 7 | 15:14 | 1 | 25 |
| 10 |
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TSV 1860 München | 18 | 5 | 10 | 3 | 11:10 | 1 | 25 |
| 11 |
|
VfL Bochum | 18 | 7 | 4 | 7 | 14:16 | -2 | 25 |
| 12 |
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1. FC Kaiserslautern | 18 | 4 | 11 | 3 | 15:13 | 2 | 23 |
| 13 |
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FC Ingolstadt 04 | 18 | 6 | 5 | 7 | 14:13 | 1 | 23 |
| 14 |
|
1. FC Köln | 18 | 5 | 8 | 5 | 13:12 | 1 | 23 |
| 15 |
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1. FC Union Berlin | 18 | 6 | 5 | 7 | 14:15 | -1 | 23 |
| 16 |
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Jahn Regensburg | 18 | 4 | 5 | 9 | 10:20 | -10 | 17 |
| 17 |
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SV Sandhausen | 18 | 3 | 6 | 9 | 11:20 | -9 | 15 |
| 18 |
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Dynamo Dresden | 18 | 1 | 8 | 9 | 5:15 | -10 | 11 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
