# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 19 10 6 3 24:12 12 36
2 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 19 10 3 6 19:9 10 33
3 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 19 8 5 6 15:16 -1 29
4 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 19 8 4 7 17:14 3 28
  FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 19 7 7 5 17:14 3 28
6 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 19 8 4 7 16:16 0 28
7 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 19 6 8 5 14:12 2 26
8 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 19 6 8 5 12:10 2 26
9 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 19 5 11 3 12:11 1 26
10 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 19 6 8 5 13:14 -1 26
11 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 19 6 7 6 16:16 0 25
12 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 19 4 12 3 15:13 2 24
13 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 19 6 6 7 14:13 1 24
14 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 19 5 9 5 13:12 1 24
15 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 19 6 5 8 15:17 -2 23
16 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 19 4 5 10 10:24 -14 17
17 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 19 3 7 9 11:20 -9 16
18 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 19 1 9 9 6:16 -10 12
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.

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