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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Eintracht Braunschweig | 10 | 9 | 1 | 0 | 21:6 | 15 | 28 |
| 2 |
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Hertha BSC | 9 | 6 | 3 | 0 | 14:5 | 9 | 21 |
| 3 |
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Energie Cottbus | 10 | 6 | 2 | 2 | 17:8 | 9 | 20 |
| 4 |
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1. FC Kaiserslautern | 10 | 4 | 5 | 1 | 16:10 | 6 | 17 |
| 5 |
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1. FC Union Berlin | 10 | 5 | 2 | 3 | 13:9 | 4 | 17 |
| 6 |
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Erzgebirge Aue | 10 | 4 | 4 | 2 | 18:11 | 7 | 16 |
| 7 |
|
FSV Frankfurt | 9 | 5 | 1 | 3 | 14:9 | 5 | 16 |
| 8 |
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TSV 1860 München | 9 | 4 | 3 | 2 | 12:7 | 5 | 15 |
| 9 |
|
1. FC Köln | 10 | 3 | 6 | 1 | 13:10 | 3 | 15 |
| 10 |
|
FC St. Pauli | 9 | 4 | 3 | 2 | 14:12 | 2 | 15 |
| 11 |
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FC Ingolstadt 04 | 10 | 3 | 4 | 3 | 13:13 | 0 | 13 |
| 12 |
|
VfL Bochum | 10 | 3 | 3 | 4 | 16:14 | 2 | 12 |
| 13 |
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SV Sandhausen | 9 | 3 | 3 | 3 | 10:13 | -3 | 12 |
| 14 |
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VfR Aalen | 9 | 3 | 2 | 4 | 10:9 | 1 | 11 |
| 15 |
|
SC Paderborn 07 | 9 | 2 | 3 | 4 | 13:12 | 1 | 9 |
| 16 |
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Jahn Regensburg | 10 | 2 | 3 | 5 | 12:14 | -2 | 9 |
| 17 |
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MSV Duisburg | 9 | 2 | 2 | 5 | 12:18 | -6 | 8 |
| 18 |
|
Dynamo Dresden | 9 | 2 | 2 | 5 | 8:15 | -7 | 8 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
