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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Kaiserslautern | 32 | 17 | 11 | 4 | 26:9 | 17 | 62 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 32 | 16 | 10 | 6 | 22:10 | 12 | 58 |
| 3 |
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Hertha BSC | 32 | 13 | 14 | 5 | 20:6 | 14 | 53 |
| 4 |
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1. FC Köln | 32 | 13 | 12 | 7 | 17:10 | 7 | 51 |
| 5 |
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1. FC Union Berlin | 32 | 13 | 11 | 8 | 24:19 | 5 | 50 |
| 6 |
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FSV Frankfurt | 32 | 11 | 11 | 10 | 19:17 | 2 | 44 |
| 7 |
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Energie Cottbus | 32 | 11 | 11 | 10 | 15:13 | 2 | 44 |
| 8 |
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TSV 1860 München | 32 | 10 | 13 | 9 | 15:12 | 3 | 43 |
| 9 |
|
VfR Aalen | 32 | 9 | 15 | 8 | 14:15 | -1 | 42 |
| 10 |
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SC Paderborn 07 | 32 | 8 | 15 | 9 | 14:14 | 0 | 39 |
| 11 |
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Jahn Regensburg | 32 | 8 | 14 | 10 | 18:19 | -1 | 38 |
| 12 |
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Dynamo Dresden | 32 | 8 | 14 | 10 | 17:19 | -2 | 38 |
| 13 |
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FC Ingolstadt 04 | 32 | 7 | 15 | 10 | 14:15 | -1 | 36 |
| 14 |
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Erzgebirge Aue | 32 | 7 | 11 | 14 | 16:26 | -10 | 32 |
| 15 |
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VfL Bochum | 32 | 7 | 11 | 14 | 13:23 | -10 | 32 |
| 16 |
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MSV Duisburg | 32 | 5 | 15 | 12 | 11:23 | -12 | 30 |
| 17 |
|
SV Sandhausen | 32 | 6 | 11 | 15 | 17:30 | -13 | 29 |
| 18 |
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FC St. Pauli | 32 | 4 | 16 | 12 | 8:20 | -12 | 28 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
