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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hertha BSC | 32 | 18 | 10 | 4 | 42:20 | 22 | 64 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 32 | 15 | 7 | 10 | 27:17 | 10 | 52 |
| 3 |
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FSV Frankfurt | 32 | 13 | 10 | 9 | 32:25 | 7 | 49 |
| 4 |
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TSV 1860 München | 32 | 11 | 15 | 6 | 21:17 | 4 | 48 |
| 5 |
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MSV Duisburg | 32 | 11 | 13 | 8 | 22:22 | 0 | 46 |
| 6 |
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VfR Aalen | 32 | 12 | 9 | 11 | 23:21 | 2 | 45 |
| 7 |
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Energie Cottbus | 32 | 10 | 15 | 7 | 22:22 | 0 | 45 |
| 8 |
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FC St. Pauli | 32 | 10 | 14 | 8 | 29:25 | 4 | 44 |
| 9 |
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Erzgebirge Aue | 32 | 11 | 11 | 10 | 22:19 | 3 | 44 |
| 10 |
|
VfL Bochum | 32 | 12 | 8 | 12 | 25:25 | 0 | 44 |
| 11 |
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1. FC Kaiserslautern | 32 | 9 | 14 | 9 | 25:21 | 4 | 41 |
| 12 |
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1. FC Köln | 32 | 9 | 14 | 9 | 22:21 | 1 | 41 |
| 13 |
|
SC Paderborn 07 | 32 | 10 | 11 | 11 | 27:28 | -1 | 41 |
| 14 |
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FC Ingolstadt 04 | 32 | 9 | 9 | 14 | 21:25 | -4 | 36 |
| 15 |
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1. FC Union Berlin | 32 | 9 | 8 | 15 | 22:28 | -6 | 35 |
| 16 |
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SV Sandhausen | 32 | 7 | 11 | 14 | 21:32 | -11 | 32 |
| 17 |
|
Dynamo Dresden | 32 | 6 | 13 | 13 | 15:26 | -11 | 31 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 32 | 5 | 10 | 17 | 16:40 | -24 | 25 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
