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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hertha BSC | 16 | 12 | 4 | 0 | 30:11 | 19 | 40 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 16 | 10 | 5 | 1 | 27:12 | 15 | 35 |
| 3 |
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1. FC Kaiserslautern | 16 | 9 | 6 | 1 | 32:11 | 21 | 33 |
| 4 |
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1. FC Union Berlin | 16 | 9 | 4 | 3 | 25:13 | 12 | 31 |
| 5 |
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1. FC Köln | 16 | 8 | 7 | 1 | 24:13 | 11 | 31 |
| 6 |
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FSV Frankfurt | 16 | 9 | 3 | 4 | 29:15 | 14 | 30 |
| 7 |
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Energie Cottbus | 16 | 8 | 5 | 3 | 25:15 | 10 | 29 |
| 8 |
|
FC St. Pauli | 16 | 7 | 5 | 4 | 27:21 | 6 | 26 |
| 9 |
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Dynamo Dresden | 16 | 7 | 3 | 6 | 18:21 | -3 | 24 |
| 10 |
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Erzgebirge Aue | 16 | 5 | 7 | 4 | 21:16 | 5 | 22 |
| 11 |
|
VfR Aalen | 16 | 6 | 4 | 6 | 21:17 | 4 | 22 |
| 12 |
|
TSV 1860 München | 16 | 5 | 6 | 5 | 18:13 | 5 | 21 |
| 13 |
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MSV Duisburg | 16 | 5 | 5 | 6 | 19:24 | -5 | 20 |
| 14 |
|
VfL Bochum | 16 | 5 | 4 | 7 | 23:23 | 0 | 19 |
| 15 |
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SV Sandhausen | 16 | 5 | 4 | 7 | 20:24 | -4 | 19 |
| 16 |
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SC Paderborn 07 | 16 | 4 | 6 | 6 | 22:18 | 4 | 18 |
| 17 |
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FC Ingolstadt 04 | 16 | 4 | 6 | 6 | 18:21 | -3 | 18 |
| 18 |
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Jahn Regensburg | 16 | 2 | 4 | 10 | 17:30 | -13 | 10 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
